En 1801 Napoleón pidió a Portugal que rompiese su alianza con Reino Unido y cesa el comercio con el, todo esto era para completar el bloqueo marítimo a las Islas Inglesas para aislarlas del resto de Europa.
Napoleón hizo que el ministro que gobernaba en España, el ministro Manuel Godoy, para que se inmiscuyera en el conflicto. Ante la negativa del monarca portugués Juan VI de aceptar las imposiciones franco-españolas se desencadenó la llamada Guerra de las Naranjas.
Retrato de Manuel Godoy, obra de Francisco Goya.
La contienda apenas duró 20 días, desde el 20 de mayo hasta el 6 de junio. El ejército español ocupó varias poblaciones fronterizas portuguesas entre las que se encontraban Arronches, Castelo de Vide, Campo Maior, Portalegre y Olivenza. La resistencia portuguesa fue mínima al no existir por parte de España reclamaciones territoriales. La paz se firmó en Badajoz el 6 de junio, se devolvieron todas las poblaciones ocupadas a Portugal menos el enclave de Olivenza y Vila Real. La división actual entre España y Portugal se delimitó usando el curso del río Guadiana.
Napoleón esperaba que debido a la presión del conflicto Reino Unido cediese a favor de Francia: Mahón, Isla Trinidad y Malta, pero esto fue obviado por Carlos IV, cosa que decepcionó a Napoleón.
Esta guerra recibió este nombre por el ramo de naranjo que Godoy envió a la reina María Luisa mientras asediaba la ciudad de Elvas.
